Dopo lo studio, l’osservazione e la ricerca, però, la necessità di creare un’organizzazione logica e organica dei risultati ottenuti (che poi è una delle tappe successive) e la volontà di rendere pubblici gli esiti del proprio lavoro danno luogo a quella che è invece la grande produzione teorica di Issel, una produzione che, pur essendo oggi quasi del tutto sconosciuta, consiste in un corpus molto ampio di opere, tra le quali vanno almeno citate, oltre i numerosi scritti sull’area finalese, la Liguria geologica e preistorica del 1882, pubblicata in tre volumi dall’editore genovese Donath, la Bibliografia scientifica della Liguria, che risale al 1887, ed il Compendio di Geologia del 1896. Si tratta di opere che, sebbene possano ritenersi, per alcuni punti di vista come quello stilistico, obiettivamente superate – molte strutture logico-sintattiche e parecchi vocaboli del lessico scientifico sono oggi in disuso – non perdono certo la loro importanza letteraria e filologica, in quanto propedeutiche allo sviluppo degli strumenti e dei parametri critici della scienza moderna.